福州大学现有研究院所２５个，即：

1. 土木建筑设计研究院；

2. 自动化研究所

3. 电工研究所

4. 功能材料研究所

5. 数学研究所

6. 新技术科研研究所

7. 材料研究所

8. 现代物理技术研究所

9. 微波通讯技术研究所

10. 气敏传感器研究所

11. 环境保护研究所

12. 生物工程研究所

13. 电子技术研究所

14. 工业催化研究所

15. 化学工程技术研究所

16. 计算机图象图形研究所

17. 计算机及应用研究所

18. 资源屯环境研究所

19. 地球信息科学与技术研究所

20. 中国文化研究所（含老区经济文化研究室）

21. 固体材料研究所

22. 高等教育研究所

23. 软科学研究所

24. 加拿大研究所

25. 经济研究所